На период половодья заготавливаются щебень и песок для засыпки подтапливаемых участков. Ведомство назначает ответственных сотрудников для контроля за потенциально опасными низководными мостами. По данным Росавтодора, в Башкортостане паводок не наносит существенный ущерб транспортным магистралям. К таковым традиционно относятся Приморский, Алтайский, Краснодарский, Ставропольский края, Амурская, Астраханская, Волгоградская, Оренбургская, Сахалинская области, республики Бурятия, Дагестан, Кабардино-Балкария.
На территории Башкирии федеральные трассы обслуживают четыре предприятия-подрядчика. АО «Марийскавтодор» и АО «ДЭП № 104» обслуживают М-5 «Урал». ООО «Дорожник - трассу М-7 «Волга» и Западных обход Уфы. ООО «Дортрансстрой» - трассу Р-240 Уфа - Оренбург.